Karier awal

Skoko dilahirkan di Mount Gambier dan bermain untuk North Geelong Warriors sebelum berpindah ke kelab Croatia, Hajduk Split pada tahun 1995. Selepas empat tahun di Stadion Poljud dia berpindah ke Belgium bersama Genk. Di Genk, dia diberi peranan sebagai kapten dan membantu pasukannya memenangi liga pada musim 2001–02. Dia kemudiannya menyertai kelab Turki, Gençlerbirliği pada tahun 2003.

Wigan Athletic

Skoko menyertai kelab Liga Perdana Inggeris, Wigan Athletic pada awal musim 2005-06. Pada 7 Januari 2006, Skoko menyertai kelab Liga Championship, Stoke City secara pinjaman sehingg akhir musim 2005–06.[2] Dia bermain sembilan perlawanan untuk Stoke dan menjaringkan dua gol ketika menentang Sheffield United dan Crystal Palace.[3][4] Dia kemudiannya menandatangani kontrak baru untuk mengekalkannya di Wigan sehingga tahun 2008.

Hajduk Split

Walau bagaimanapun, pada 21 Julai, Skoko menandatangani perjanjian dua tahun dengan bekas kelabnya, Hajduk.

Melbourne Heart

Skoko kembali ke Australia dengan menyertai kelab baru A-League, Melbourne Heart.[5]